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L'initialisation du shell se fait grâce aux fichiers: '/etc/profile' et '.bashrc', '.bash_profile','.bash_login' et '.bash_logout' dans votre répertoire.
Dans le fichier /etc/profile se trouvent toutes les initialisations de base, valables pour tous les utilisateurs. Ce fichier permet de faire tourner un shell sans le recours d'un fichier '.bashrc'. La syntaxe utilisée dans les deux fichiers est la même, vous êtes encouragés à visualiser le fichier /etc/profile pour apprendre la syntaxe utilisée et prendre connaissance des alias prédéfinis.
Dans .bash_profile vous avez des variables à déclarer lors de la première invocation d'un shell pour vous, et qui ne bougeront plus par la suite.
.bash_login est le fichier de configuration qui est lancé par un shell dit de "login", donc classiquement le shell où vous vous trouvez après le login. Pourquoi cette différence? Eh bien, on n'a pas forcément besoin des mêmes réglages pour un shell que l'on veut utiliser manuellement (le shell de login précisément) et les shell classiquement invoqués pour des scripts.
.bash_logout finalement est ce qui est exécuté quand vous quittez un shell, dans la majorité des cas ce fichier ne contiendra que 'clear' dans un souci de discrétion.